Vergi Usul Kanunu’nun 7103 sayılı Kanun’un 12’nci maddesi ile değişik 353’üncü maddesinin birinci fıkrasının (1) ve (2) numaralı bentlerinde, (1) elektronik belge olarak düzenlenmesi gerekenler de dahil olmak üzere verilmesi ve alınması icap eden fatura, gider pusulası, müstahsil makbuzu ile serbest meslek makbuzlarının verilmemesi, alınmaması, düzenlenen bu belgelerde gerçek meblağdan farklı meblağlara yer verilmesi, bu belgelerin elektronik belge olarak düzenlenmesi gerekirken Hazine ve Maliye Bakanlığınca belirlenen zorunlu haller hariç olmak üzere kağıt olarak düzenlenmesi ya da bu Kanun’un 227 ve 231’inci maddelerine göre hiç düzenlenmemiş sayılması halinde; bu belgeleri düzenlemek ve almak zorunda olanların her birine, her bir belge için 240 (iki yüz kırk) Türk Lirasından aşağı olmamak üzere bu belgelere yazılması gereken meblağın veya meblağ farkının %10’u nispetinde özel usulsüzlük cezası kesilir. Bir takvim yılı içinde her bir belge nevine ilişkin olarak tespit olunan yukarıda yazılı özel usulsüzlükler için kesilecek cezanın toplamı 120.000 (yüz yirmi bin) Türk Lirası’nı geçemez. (2) Elektronik belge olarak düzenlenmesi gerekenler de dâhil olmak üzere, perakende satış fişi, ödeme kaydedici cihazla verilen fiş, giriş ve yolcu taşıma bileti, sevk irsaliyesi, taşıma irsaliyesi, yolcu listesi, günlük müşteri listesi ile Hazine ve Maliye Bakanlığınca düzenlenme zorunluluğu getirilen belgelerin; düzenlenmediğinin, kullanılmadığının, bulundurulmadığının, düzenlenen belgelerin aslı ile örneğinde farklı meblağlara yer verildiğinin, gerçeğe aykırı olarak düzenlendiğinin veya elektronik belge olarak düzenlenmesi gerekirken Hazine ve Maliye Bakanlığınca belirlenen zorunlu haller hariç olmak üzere kâğıt olarak düzenlendiğinin tespiti ya da bu belgelerin Vergi Usul Kanunu’nun 227’nci maddesine göre hiç düzenlenmemiş sayılması halinde, her bir belge için 240 Türk Lirası özel usulsüzlük cezası kesilir. Ancak her bir belge nevine ilişkin olarak kesilecek özel usulsüzlük cezasının toplamı her bir tespit için 12.000 (on iki bin) Türk Lirasını, bir takvim yılı içinde ise 120.000 (yüz yirmi bin) Türk Lirası’nı geçemez.” düzenlemelerine yer verilmiştir.
Vergi Usul Kanunu (sıra No: 509) Genel Tebliği’nin “V.7 e-Belge Olarak Düzenleme Zorunluluğu Getirilen Belgelerin Kağıt Olarak Düzenlenebileceği Haller” başlıklı bölümünde belirlenmiş olduğu üzere;
a) Gelir İdaresi Başkanlığı’nın ve e-Belge uygulamalarına taraf olan diğer kamu kurum ve kuruluşlarının bilgi işlem sistemlerinde meydana gelen arıza, kesinti ile bu sistemlerde yapılan bakım,
b) İspat veya teşvik edilmek kaydıyla mükellefin ya da Gelir İdaresi Başkanlığı’ndan izin almış özel entegratör kuruluşların bilgi işlem sistemlerinde meydana gelen arıza, kesinti ile bu sistemlerde yapılan planlı bakım (yazılı bildirimde belirtilen süre ile sınırlı kalmak kaydıyla),
c) İspat ve tevsik edilmek (belgelendirmek) kaydıyla, kullanılmakta olan mali mührün veya elektronik imza aracının arızalanması veya çalınması (yeni mali mühür veya elektronik imza aracının temini süresince)
ç) Hazine ve Maliye Bakanlığı veya Gelir İdaresi Başkanlığı tarafından e-Belge uygulamalarına ilişkin olarak yayımlanan genel tebliğ, sirküler ve teknik kılavuz ve duyurularda, belgelerin e-Belge yerine kağıt olarak düzenlenmesine izin verilmesi gibi nedenlerle kanunen düzenlenmesi gereken sürenin geçirilmemesi kaydıyla, kağıt olarak düzenlenmesi durumunda özel usulsüzlük cezası kesilmez.
Mükelleften kaynaklanan diğer nedenlerle, e-Belge olarak düzenlenmesi gereken belgelerin kağıt olarak düzenlenmesi yukarıda sayılan nedenler kapsamında değerlendirilemez.
Elektronik olarak düzenlenmesi gereken belgenin Vergi Usul Kanunu’nu 13’üncü maddesinde belirlenmiş mücbir sebepler nedeniyle elektronik olarak düzenlenememesi halinde de;
Vergi Usul Kanunu’nun 373’üncü maddesine istinaden özel usulsüzlük cezası kesilmez.
Diğer yandan e-Belge uygulaması dahil olanlarda e-Belgelere ilişkin kayıtların bozulması, silinmesi, zarar görmesi, işlem görememesi ile olağanüstü durumların meydana gelmesi halinde, durumu Gelir İdaresi Başkanlığı’na üç iş günü içinde bildirerek bu kayıtların nasıl tamamlanacağına ilişkin ayrıntılı bir plan sunmak zorundadır.
Ayrıca bilgi işlem sistemlerini oluşturan donanımların bir kısmının veya tamamının haczedilmesi veya yetkili mercilere el konulması halinde, durumu en geç üç iş günü içerisinde Gelir İdaresi Başkanlığı’na bildirmek ve kayıtların nasıl tamamlayacağına ilişkin ayrıntılı bir plan sunmak zorundadır.
Diğer yandan tebliğe konu uygulamaları kendi sistemleri üzerinden kullananlar, bilgi işlem sistemini oluşturan yazılım, donanım, dosya, dokümantasyon ve benzeri unsurları hiçbir şekilde kısmen veya tamamen vergi inceleme elemanlarının veya Gelir İdaresi Başkanlığı’nca görevlendirilecek personelin erişimini ve denetlemesini engelleyecek bir sözleşme veya lisansa konu edemezler.