Gelir Vergisi Kanunu’na göre vergiden muaf olanlar, mal ve hizmet satışları dolayısıyla Katma Değer Vergisi hesaplamazlar. Kanun hükmüne rağmen satış bedellerinde vergi gösterip müşteriden vergi tahsil edenler, bu vergiyi vergi dairesine yatırmakla yükümlüdürler.
Katma Değer Vergisi Kanunu’nun 2’nci maddesi gereği olarak “Vergiye tabi bir işlem söz konusu olmadığı veya katma değer vergisini fatura veya benzeri vesikalarda göstermeye hakkı bulunmadığı halde, düzenlediği bu tür vesikalarda katma değer vergisi gösterenler, bu vergiyi ödemekle mükelleftirler. Bu husus kanuna göre borçlu oldukları vergi tutarından daha yüksek bir meblağı gösteren mükellefler için de geçerlidir. Bu gibi sebeplerle fazla veya yersiz hesaplanan ve Hazineye ödenen vergi Maliye Bakanlığı’nın belirleyeceği usul ve esaslara göre işlem yapan mükellefe iade edilir. Şu kadar ki söz konusu iadenin yapılabilmesi için işlemle ilgili beyanların düzeltilmesi ve fazla veya yersiz hesaplanan verginin satıcı tarafından alıcıya geri verilmesi zorunludur.”
Örneğin; Gelir Vergisi Kanunu’na göre vergiden muaf olanlar, mal ve hizmet satışları dolayısıyla Katma Değer Vergisi hesaplamazlar. Kanun hükmüne rağmen satış bedellerinde vergi gösterip müşteriden vergi tahsil edenler, bu vergiyi vergi dairesine yatırmakla yükümlüdürler.
Aynı şekilde yasal düzenleme gereği, borçlu oldukları vergi tutarından daha yüksek bir meblağı gösteren mükellefler de fazla tahsil ettikleri vergiyi vergi dairesine ödemekle yükümlüdürler.
Katma Değer Vergisi Kanunu’nun 8/2’nci maddesi kapsamında fazla veya yersiz hesaplanan ve Hazineye ödenen verginin iadesi aşağıda belirtilen esaslara göre gerçekleştirilmektedir. Bu bağlamda kural olarak, fazla veya yersiz hesaplanan vergi bulunması durumunda gerek satıcı gerekse alıcı nezdinde işlemin Katma Değer Vergisi uygulanmadan önceki hale döndürülmesi gerekmektedir. Bu bağlamda da öncelikle alıcının indirim hakkı bulunan bir mükellef olması durumunda, katma değer vergisi alıcıya ödediğini gösterir bir belge ile vergi dairesine başvurması gerekmektedir.
5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu’na ekli cetvellerde yer alan idare, kurum ve kuruluşlar tarafından yapılan teslim ve hizmetler dolayısıyla fazla ve yersiz uygulanan vergi söz konusu idare, kurum ve kuruluşlar tarafından düzenlenecek yazıya istinaden vergi dairesi tarafından yukarıda yer alan açıklamalar çerçevesinde alıcıya iade edilir.
Söz konusu yazının genel bütçeli idarelerde konuya ilişkin tutarın tahsil edildiği ve gelir hesaplarına aktarıldığı, diğer idare, kurum ve kuruluşlarda ise beyan edilerek vergi dairesine ödendiğini kanıtlaması gerekir.
Satıcının fazla ve yersiz olarak hesaplanan vergiyi alıcıya ödediğini gösterir belge ve indirim hakkı bulunan alıcıların düzeltmeyi yaptığını gösterir vergi dairesi yazısı ile birlikte beyanlarını düzeltmesi gerekmektedir. Bu bağlamda, fazla ve yersiz hesaplanan Katma Değer Vergisi tutarı, ilgili dönem beyannamesinden tenzil edilir (indirilir) ve sonraki dönemlerde de buna göre düzeltilir.
Fazla veya yersiz olarak ödendiği iddia edilen Katma Değer Vergisi’nin satıcı tarafından iade olarak talep edilebilmesi için Katma Değer Vergisi beyannamesinde hesaplanan Katma Değer Vergisi olarak beyan edilmesi ve beyana konu edildiği dönem ile iade talep edilen dönem arasında asgari söz konusu Katma Değer tutarı kadar ödenecek Katma Değer Vergisi çıkması ve Hazineye ödenmesi gerekmektedir.
- Beyan edilen dönemde iade talep edilen dönem arasında, fazla veya yersiz uygulanan Katma Değer Vergisi tutarından daha düşük tutarda ödenecek Katma Değer Vergisi ve Hazineye ödenmesi durumunda sadece bu tutar iadeye konu edilebilir.
- Beyan edilen dönemle iade talep edilen dönem arasında ödenecek Katma Değer Vergisi çıkmaması durumunda ise Hazineye intikal eden herhangi bir vergi bulunmadığından sadece düzeltme yapılacak olup iade söz konusu olmayacaktır.
İndirim hakkına sahip mükelleflerin ithalat matrahında, ithalat işleminden sonra meydana gelen azalmalar (transfer fiyatlandırması yoluyla örtülü kazanç dağıtıldığının tespit edildiği durumlar dahil) nedeniyle faza veya yersiz ödenen vergiler, bu mükellefler tarafından indirim hesaplarına alındığından iade konusu yapılamaz. İthalat sırasında fazla veya yersiz ödenen bu vergiler ile ilgili olarak indirim hesaplarından herhangi bir düzeltme yapılmasına gerek bulunmamaktadır.
İthalat sırasında fazla veya yersiz uygulanan verginin indirim hakkına sahip mükelleflere iadesi, mükellefin beyanlarının düzeltilmesi üzerine bağlı olduğu vergi dairesince gerçekleştirilir. Bunun için, indirim hakkına sahip mükellef, gümrük idaresine bir dilekçe ile başvurarak, gümrük idaresi fazla ve yersiz tahsil ettiği vergi tutarını mükellefin vergi dairesine doğrudan göndereceği bir yazı ile bildirir. Vergi dairesi bu yazı üzerine iade talebini sonuçlandırır.
Katma Değer Vergisi tevkifatı uygulaması, teslim veya hizmet bedeli üzerinden hesaplanan verginin, teslim veya hizmeti yapanlar tarafından değil, bu işlemlere muhatap olanlar tarafından kısmen veya tamamen vergi sorumlusu sıfatıyla beyan edilip ödenmesidir.
“Tam tevkifat” işlem bedeli üzerinden hesaplanan verginin tamamının işleme muhatap olan alıcılar tarafından beyan edilip ödenmesi, “kısmi tevkifat” ise hesaplanan verginin Maliye Bakanlığınca belirlenen kısmının, işleme muhatap olan alıcılar tarafından diğer kısmının ise işlemi (teslim veya hizmeti) yapan tarafından beyan edilip ödenmesidir.