Türk Vergi Hukuku sisteminde uygulamada kabul görmüş olan “ihtirazi kayıtla beyan”ın gümrük vergileri yönünden uygulanıp uygulamayacağı hususu gümrük idareleri nezdinde uzunca bir süre tereddüt konusu olmuştur.
Yükümlülerce kanuni gerekçe gösterilerek beyan edilen matrah veya matrah kısmı üzerinden tarh edilen vergiye dava hakkının saklı tutulması yolundaki beyannameye yazılı şerh düşülmesine uygulamada “İhtirazı Kayıt” denilmektedir.
Bu durumda ihtirazı kaydı, yükümlü ile gümrük idaresi arasındaki gümrük mevzuatının uygulanmasına yönelik herhangi bir konuya veya gümrük beyanının herhangi bir unsuruna yönelik mevcut olan bir uyuşmazlığa ilişkin yükümlülerin idareye karşı yapmış oldukları gümrük beyanlarında dava hakkının saklı olduğunu belirten bir şerh olarak tanımlamak yanlış olmayacaktır.
Bununla birlikte Gümrük Kanunu ve Gümrük Yönetmeliği hükümlerinde veya ikincil derecedeki gümrük mevzuatında “ihtirazı kayıt” veya “ihtirazı kayıtla gümrük beyanı” diye bir kavramın bulunmadığını vurgulamak gerekmektedir.
Genel vergi mevzuatı uygulamasında sıklıkla kullanılan bir müessese olan, ihtirazı kayıtla beyana vergi ve gümrük mevzuatında lafzen yer verilmemekle birlikte “ihtirazi kayıt” kavramı, İdari Yargılama Usulü Kanunu’nun 27. maddesinin 4. fıkrasında geçmektedir.
“İhtirazi Kayıtla Beyan” durumunun gümrük vergilerine uygulanıp uygulamayacağı hakkında uzun süren tereddütler sonucunda konu ile ilgili Gümrükler Genel Müdürlüğü’nün 18.06.2003 tarihli 15501 sayılı yazısında; “Hukuk Müşavirliğinden alınan görüş doğrultusunda yükümlünün serbest iradesi dışında yapmak durumunda kaldığı, yani idarenin öngördüğü kuralların sonucu zorunlu olarak yaptığı beyana karşı ihtirazı kayıt konulmasının gümrük mevzuatında mevcut olan “Beyanın Bağlayıcılığı” hükmünün dışında değerlendirilmesi gerektiği, çünkü bu durumda beyanın ihtirazi kayıtla yapılmasının idare tarafından engellenmesi mümkün olmayan bir hak teşkil ettiği, yükümlünün bu şekilde ihtirazi kayıt koyarak yaptığı beyanı üzerine itirazda bulunması ve işlemi yargıya götürmesinin idarece engel olunamayacak bir durum teşkil ettiği, ancak idarenin yükümlünün beyanına bağı olarak tesis edilen işlemin hukuka uygun olduğunun savunmasını çeşitli aşamalarda usulü dairesinde yapacağı vurgulanmış ve gümrük mevzuatındaki “Beyanın Bağlayıcılığı” müessesesinin yükümlünün tamamen kendi iradesiyle beyanda bulunduğu hususlara ilişkin olarak ihtirazi kayıt koymasını, itirazda bulunmasını ve dava yoluna başvurmasını engelleyecek şekilde yorumlanamayacağı” ifade edilmiştir. Böylece bir anlamda ihtirazi kayıt uygulamasının gümrük vergilerine ilişkin bağlamda da uygulanabileceği hususu açıklığa kavuşmuştur.
İhtirazı kayıtla yapılan gümrük beyanında yükümlü gümrük idaresinin görüşüne katılmasa da, ithalat veya ihracat işlemini idarenin görüşüne veya mevcut uygulamasına göre tamamlamakta ancak idarenin bu görüşüne katılmadığını gümrük idaresine ilgili ithalat veya ihracat işlemi için düzenlediği gümrük beyannamesi üzerine düştüğü bir şerhle veya eklediği bir dilekçe beyan etmektedir.
Yükümlülerin ihtirazi kayıtla gümrük beyanı yapmayı tercih ettiği konular arasında ithalatta kıymet bazlı gözetim uygulamasına tabi eşyanın ithalat sürecindeki gözetim kıymeti üzerinden vergilendirilmesi, eşyanın gümrük tarife istatistik pozisyonuna yönelik farklı yorumlamalar veya eşyanın menşeinin tespitine yönelik gümrük idaresi ile yükümlü arasındaki görüş farklılıkları bulunabilmektedir.
Gümrük mevzuatındaki “beyanın bağlayıcılığı” hükmü dikkate alındığında, ihtirazi kayıtla beyanın yükümlülere sağladığı fayda, yükümlülerin gümrük beyanı sürecini tamamladıktan sonra ihtirazi kayıtla beyanda bulundukları konuyu uyuşmazlık aşamasına taşıyabilmelerindedir ki çoğunlukla bu durum tahsil edilen gümrük vergileri miktarına ilişkin olmaktadır.
Bazı idari yargı mercilerinin verdiği kararlarda, ihtirazı kayıt konulmaksızın gümrük idaresinden tescil ettirilen beyannameye dayanılarak tahakkuk ettirilen vergilere karşı idari itiraz yollarına gidilmesinin gümrük mevzuatında mevcut olan “beyanın bağlayıcılığı” hususundan ötürü mümkün olmadığı belirtilmektedir. Örneğin Danıştay 7. Dairesi’nin 2004/2341 Esas No.lu, 2004/3554 Karar Numarasına konu olayda bu durum ifade edilmiştir. Bu sebeple beyan üzerine tahakkuk ettirilen gümrük vergilerine karşı idari itiraz yoluna başvurulabilmesi, tescil edilen gümrük beyannamesi için ilgili gümrük idaresine ihtirazı kayıt verilmesine bağlı olmaktadır.
İhtirazi kayıtla gümrük beyanının yükümlülerce özellikle son dönemde gümrük idaresinin kıymet bazlı gözetim uygulamalarına tabi olan eşyanın ithalinde gözetim kıymetinden ötürü fazladan ödendiği iddia edilen gümrük vergilerinin iadesi için sıklıkla başvurulan bir yöntem haline geldiği görülmektedir.
Sonuç itibariyla yükümlüler tarafından yapılan gümrük beyanlarında gümrük idareleri ile gümrük vergilerine ilişkin bir konuda veya gümrük beyanının diğer unsurlarına ilişkin görüş/yorum farklılığının mevcut olması halinde ihtirazi kayıtla gümrük beyanında bulunulması, operasyonel süreçte hem cezai müeyyide ile muhatap olunmaksızın gümrük işlemlerinin tamamlanması hem de gümrük işlemlerine ilişkin süreçler tamamlandıktan sonra yükümlünün yapılan işlemi uyuşmazlık konusu edebilmesi bakımından oldukça önemlidir.